バージョンが違うと、IDE と Gradle のビルド間でエラー報告やコードの動作が矛盾する場合があります。
例:
dependencies { classpath "org.jetbrains.kotlin:kotlin-gradle-plugin:0.0.1" }
この問題を修正するには、IDE プラグインにバンドルされている Kotlin のバージョンに合うように Kotlin Gradle プラグインのバージョンを変更してください。