GWT は gwt.xml ファイルに source タグも super-source タグもない場合にのみ、client フォルダーを暗黙的にクライアントサイドのソースパスとして扱います。
そのため、client フォルダーが存在するのに gwt.xml ファイルに登録されていない、かつその gwt.xml ファイルにカスタムの source タグまたは super-source タグが宣言されているという場合は、ミスの可能性が高いと思われます。
同様に、gwt.xml ファイルがカスタムの public フォルダーを宣言しているにもかかわらず、デフォルトの名前が付けられた既存のフォルダーを登録していない場合もミスの可能性があります。
クイックフィックスを使用すると、gwt.xml ファイルにデフォルトフォルダーが明示的に登録されます。