ネストした dplyr の呼び出しを報告し、パイプで置換することを提案します。

例:

summarise(filter(diamonds, depth > 62.0), mean = mean(carat))

クイックフィックスを適用すると、コードは以下のように変更されます。

diamonds %>% filter(depth > 62.0) %>% summarise(mean = mean(carat))